В 1996 году первый президент России Борис Ельцин посетил Уфу и заложил первый камень в строительство метрополитена рядом универмагом «Уфа». Поместили там же и капсулу с посланием потомкам.
Решение о строительстве метро в Уфе было одобрено еще в 1981 году, спустя два года началась разработка проекта. После визита Ельцина в 96-м году сооружение было включено в федеральную программу метростроения. Предполагалось, что пусковой участок первой очереди будет сдан в эксплуатацию в 2007 году, в 2004 году ее перенесли на 2010 год. В 2011 году мэр Уфы Ирек Ялалов подписал постановление об отмене строительства метрополитена.
Не так давно жители города вновь подняли вопрос строительства метро в Уфе, однако в администрации города заявили, что данные работы не планируются. Со слов представительницы мэрии Лейсан Утяшевой, город расположен в месте сложных геологических условий. Кроме того, на строительство метро требуются «огромные финансовые затраты, которых попросту нет».
В качестве альтернативы власти планируют развивать городские электрички и электротранспорт — трамваи и троллейбусы. Между тем, накануне автопарк МУЭТ был выставлен на торги за 332 миллиона рублей.