Подследственные и осужденные содержатся в 5 СИЗО, 12 мужских тюрьмах, 2 колониях-поселениях и 1 колонии для несовершеннолетних. 19265 жителей Башкирии отбывают наказания, не связанные с лишением свободы под контролем 7 уголовно-исполнительных инспекций.