На этой должности Яппаров будет заниматься разработкой и внесением предложений по совершенствованию методов профилактики и борьбы с ВИЧ-инфекциями, участвовать в организации разработки порядка оказания медпомощи, клинических рекомендаций больных и внедрении их в практику работы медучреждений, а также участвовать в проверке медицинских организаций соответствующего профиля и разрабатывать рекомендации по совершенствованию их работы.
С 2018 по 2019 год Рафаэль Яппаров был замминистра здравоохранения РБ.