7 марта 2014 года вышел соответствующий приказ № 209 о выдаче свидетельства о государственной аккредитации, в котором указаны укрупненные группы специальностей и направлений подготовки, по которым в БАГСУ может осуществляться образовательная деятельность: 030000 «Гуманитарные науки», 080000 «Экономика и управление».
Решение по аккредитации по направлению подготовки «Юриспруденция» принято Комиссией по общественной оценке качества высшего юридического образования Ассоциации юристов России (АЮР). Общественная аккредитация вузов юридического профиля проводится на основании Указа Президента РФ от 26 мая 2009 года № 599 «О мерах по совершенствованию высшего юридического образования в Российской Федерации». К образовательным организациям высшего образования, стремящимся пройти данную процедуру, АЮР предъявляет очень высокие требования. Из почти 1200 вузов, осуществляющих подготовку юридических кадров, общественную аккредитацию получили всего 129. В Башкортостане АЮР аккредитованы только три вуза: БАГСУ при президенте РБ, БашГУ и Уфимский юридический институт МВД РФ.