Капова пещера – уникальный памятник природы, правительство республики внесло заявку в номинацию «культурный ландшафт» предварительного списка всемирного наследия «Юнеско». Для того, чтобы пещера стала объектом культурного наследия, потребуется соблюсти все требования, которые предъявляются номинантам, а сама процедура включения может занять несколько лет.
Кроме того, в Кабмине РБ намерено создать близ пещеры «Шульган-таш» всероссийский научный центр по изучению этого природного раритета, а также открыть здесь туристический комплекс «Мурат Тугай» с музеем и заповедником, который получит особую охрану.
Ранее министерство природопользования и экологии России выделило более одного миллиона рублей на монтаж технических средств охраны знаменитой Каповой пещеры – 16 видеокамер и датчиков, срабатывающих на удары, свет и тепло. Видео и звуковые сигналы выносятся на мониторы, установленные в помещении вахтовой охраны госинспекторов.
По данным работников государственного заповедника «Шульган-таш», в последнее время участились случаи попыток несанкционированных проникновений в пещеру. Есть подозрения, что в пещеру наведываются так называемые "черные археологи". А местные жители приходят за грунтом и водорослями, считая, что они способны исцелить от болезней. Возрастает опасность, что вместе с выносимым грунтом исчезнут редкие артефакты.