В структуре заболеваемости наибольшую долю среди взрослого населения занимают заболевания органов дыхания, пищеварения, системы кровообращения; среди подростков и детей - органов дыхания, пищеварения и зрения.
По данным Андрея Евсюкова, показатель заболеваемости туберкулезом за последние 10 лет снизился на 20,4% и составил 40,1 на 100 тыс. населения, что на 42% меньше среднероссийского уровня. Высокая заболеваемость туберкулезом зарегистрирована в Иглинском, Альшеевском и Мелеузовском районах.