Среди них — «Агидель», «Урал: история, экономика, культура», «Приоритеты духовного и социально-экономического развития Республики Башкортостан», «Геология, нефтегазовый комплекс и экология Республики Башкортостан» «Критические технологии Республики Башкортостан: физико-математические принципы и технические решения», «Новые материалы, химические технологии для промышленности, медицины и сельского хозяйства на базе нефтехимического, минерального и возобновляемого сырья Республики Башкортостан», «Здоровье населения Республики Башкортостан: профилактика заболеваний, медицинские технологии, здоровый образ жизни», и «Научное обеспечение воспроизводства биологических ресурсов и развития агропромышленного комплекса Республики Башкортостан». Финансироваться государственные научные программы будут из республиканской казны, а также из внебюджетных источников.