Станции электропоездов появятся в районе аэропорта, электричка будет следовать от терминала с закрытой посадочной платформой через станцию Уршак в город с минимальным количеством остановок (остановки Уршак, Дема, Уфа, Черниковка, Шакша). Авиапассажиры, продолжающие путь в южном направлении (на Стерлитамак, Белорецк), будут иметь возможность произвести пересадку на пригородные и пассажирские поезда южного направления на станции Уршак. Внутригородские пассажирские поезда будут иметь остановки на всех существующих станциях и остановочных платформах — «Баланово» в перспективном районе жилой застройки — районе Демы в створе Армянской улицы; «Затонская» в центральной части города; в районе автодорожного моста через Белую, — «Бельский парк» в районе проспекта Октября. Здесь появятся подъемники и эскалаторы, выводящие пассажиров в город. Строительство пересадочных комплексов с вертикальным транспортом предполагается на станциях и остановочных платформах: Правая Белая, Уфа, Затонская, Бельский парк.