Краткосрочные и среднесрочные программы утверждаются президентом РБ, а долгосрочные программы — парламентом.Кроме того, государственным заказчикам республиканских целевых программ вменили в обязанность ежегодно отчитываться перед правительством РБ, а также информировать главу республики и Госсобрание Башкирии о результатах выполнения проектов за прошедшие 12 месяцев.