Ему было предъявлено обвинение в превышении должностных полномочий. В 2015 году он реализовал два земельных участка в Уфе, но Гурьев при этом не имел права на это. Кроме того, в 2018 году он издал указ, по которому без торгов компании «Уфа-Инвест» была передана производственная база «Башкирского государственного театра оперы и балета». Общий ущерб бюджету республики оценили в более 518 миллионов рублей. Казна Уфа потеряла свыше 52 миллионов рублей. 25 ноября Кировский районный суд Уфы вынес ему оправдательный приговор, указав, что в действиях Евгения Гурьева нет состава преступления, экс-чиновник действовал в рамках своих полномочий.
Государственный обвинитель считает, что вина бывшего главы министерства доказана. В суде он просил назначить Гурьеву наказание в виде 12 лет лишения свободы в колонии общего режима с запретом занимать должность в государственных и муниципальных органов на три года.
Прокуратура полагает, что оправдательный приговор не обоснован. В связи с этим ведомство подало апелляционную жалобу.