По своим целебным и вкусовым качествам он не имеет аналогов в мире. Однако в последнее время маркой «Башкирский мед» пользуются не только пчеловоды республики, но и предприниматели других регионов России, обозначая им мед, не произведенный в Башкортостане. На международной выставке-ярмарке «Агрорусь-2004» в Санкт-Петербурге продавали мед в 17 торговых точках с этикетками «Мед башкирский облепиховый», «Мед башкирский каштановый», «Мед башкирский акациевый» и другие. Хотя некоторые из указанных растений не являются медоносами или не произрастают на территории Башкирии.Для защиты производителей башкирского меда — пчеловодов РБ и сохранения престижа уникального продукта республики в октябре 2004 года ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии подало заявку в Роспатент на регистрацию наименования места происхождения товара (НМПТ) «Башкирский мед» и получения права пользования этим патентом. Описание особых свойств башкирского меда было сделано на основе результатов многолетних исследований этого продукта пчеловодства, проведенных центром на всей территории Республики Башкортостан. При принятии Роспатентом решения о выдаче права пользования НМПТ также было учтено и то, что указом президента РБ государственное учреждение «Башкирский научно-исследовательский центр по пчеловодству и апитерапии» определено ведущим учреждением Республики Башкортостан по проблемам науки и производства в области пчеловодства и апитерапии, на него также возложены функции государственной инспекции по пчеловодству.В ходе экспертизы Роспатентом были получены заключения Министерства сельского хозяйства РФ и головного учреждения России по пчеловодству — ГНУ Научно-исследовательский институт пчеловодства о подтверждении права пользования патентом «Башкирский мед» ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии. Таким образом, ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии является единственным учреждением на территории Российской Федерации, обладающим правом использования словосочетания «Башкирский мед» для маркировки своей медовой продукции.В настоящее время ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии является крупным башкирского производителем меда и представляет продукцию пчеловодства на российском и мировом уровнях. Башкирский мед, производимый учреждением, и продукция на его основе неоднократно отмечены высшими наградами (более 50 золотых медалей) на различных международных выставках и ярмарках.Регулирование отношений, возникающих в связи с охраной и использованием НМПТ «Башкирский мед», производится в соответствии с законом «О товарных знаках, знаках обслуживания и наименованиях мест происхождения товаров».